種のチェックリストを発行する最適な方法

カバーアート製作: Gregory Basco, Black-necked stilt, Himantopus mexicanus

このガイドでは、分類学的チェックリスト情報を標準的な方法で共有するための手段として、ダーウィンコア・アーカイブ (DwC-A) フォーマットの活用方法について詳しく説明します。また、ダーウィンコア・アーカイブフォーマットの特定のコンポーネントと、コア分類学データクラスをサポートする拡張機能に焦点を当て、共有データの価値を最大化するためにこれらのコンポーネントを最適に利用する方法について推奨事項を説明します。本書はダーウィンコア・アーカイブフォーマットの詳細な概要を提供するものではなく、ダーウィンコア・アーカイブ ハウツーガイドを参照してください。

DwC-Aフォーマットとここで説明する特定のプロファイルは、国際的に認められ批准された、分類学データ共有のためのデータ交換フォーマットです。すべてのデータ交換基準は、一方では技術的な範囲と能力、他方では社会的な受け入れと取り込みのバランスを取る必要があります。シンプルなソリューションでは、使いやすさを優先して、適用範囲や複雑さが犠牲になります。非常に複雑なフォーマットは、あらゆる種類のデータを表現するためのより完全なソリューションを提供しますが、単純さを犠牲にして、サポートするソフトウェアと専門知識を必要とします。ダーウィンコア・アーカイブフォーマットは、この両端の中間的な位置づけにあります。分類学的チェックリストの主要な要素に焦点を当て、このコア構造にリンクさせることで、より充実したデータタイプのセットを可能にします。アーカイブに含まれるデータは、基本的な構造化テキストファイルに慣れている多くの生物学者やデータ管理者が容易に理解し、使用することができます。比較的簡単に作成・利用でき、分類学的データリソースを構成する重要な要素の多くをサポートする国際基準を提供することにより、GBIFは、チェックリストの作成者と管理者に、データを共有する標準的なアプローチを提供し、その後の引用と彼らの仕事の認識への共通のアプローチを促進することを期待しています。また、標準的な形式は、関連性と実用性を高めます。

「種チェックリスト」と分類学の「カタログ」という用語は、重複する範囲の分類学的リソースを指す場合があります。これらの製品はすべて、暗黙的または明示的に分類を参照する学名のセットを含んでいます。このようなリストに含まれる名前のセットは、分類群、地理的地域、または移入種のようなテーマによって、あるいはその3つの組み合わせによって制約されることがあります。詳細な順に、以下のリソースタイプ^[1]が含まれます。

ダーウィンコア・アーカイブフォーマットとGBIFチェックリスト拡張機能は、これらすべてのチェックリストデータタイプの中の主要なデータ要素の交換をサポートしています。具体的にどの程度カバーしているかは、個々のリソースに大きく依存します。この文書では、上記のリソースカテゴリーのいずれか、またはすべてを指す一般的な用語として、広義に「チェックリスト」という用語を使用します。特定のカテゴリータイプは、特定のリソースを参照する場合に使用します。

ダーウィンコアは、学名を共有するためのいくつかの方法に対応しています。以下の通りです。

ダーウィンコアでは、分類や分類学的階層を公開するために、正規化と非正規化という2つの基本的なオプションが用意されています。これらの2つのオプションは、ほとんどの分類がデータベースで管理される主な手段を説明します。

以下の例は、プロファイルに適合しますが、GBIFが推奨・対応しない（つまり、GBIFパーサーがこれらのケースを適切に扱えない）データ構成を示すものです。

これらの構成でデータを公開することは避けてください。

ダーウィンコア・アーカイブは、種のチェックリストにおけるシノニムの公開をサポートしています。シノニムは、コアデータファイルの別の記録として公開されます。シノニムは dwc:acceptedNameUsageID フィールドを使用して、受け入れ分類子レコードを参照します。このフィールドには、受理された分類群レコードを表す dwc:taxonID が含まれます。以下の単純化した例では、最初のレコードが採用された分類群名を表し、レコード2と3がシノニムです。

A synonym record is recommended to contain a distinct dwc:taxonID. It must not use the same dwc:taxonID as the accepted taxon record. The simplest representation of synonymy is as provided in the example above where synonyms are listed as distinct records and ‘point’ to the accepted taxon record using the dwc:acceptedNameUsageID. This simple synonymy supports the publication of basic taxonomic checklists with synonym details limited to the core taxon class elements. The dwc:taxonomicStatus field affirms the status of the record. A recommended vocabulary for this field is available. Additional nomenclatural details that may also support the rationale behind the synonymy may be included using the dwc:nomenclaturalStatus field and supporting vocabulary.

各シノニムレコードに一意の dwc:taxonID が含まれるようにし、チェックリストの注釈の共有をサポートするために利用可能な拡張機能を利用することで、詳細なシノニムをサポートすることができます。これは、GBIFチェックリスト拡張機能でサポートされている1つ以上の書誌レコード、標本レコード、およびその他のデータタイプを、コアデータファイル内の1つのシノニムレコードにリンクすることを可能するものです。シノニムレコードに*dwc:taxonID*が提供されていない場合、拡張機能はコアファイルのタクソンレコードへのリンクを提供するために*dwc:taxonID*に依存するので使用することができません。以下の簡単な例では、リファレンス拡張機能を使用してシノニムの書誌情報を提供するために、2つのファイル（表として表現）を使用することを説明しています。この例では、共有される*dwc:taxonID*が強調表示されています。

Taxon.txt データファイル

References.txt データファイル

シノニムに関するその他の注意事項

分類学上のチェックリストは多くの場合、それを編集する個人や機関の知的、財政的な努力の結晶です。チェックリストの中には、同じ原典から派生したものや、他の原典を参照し、テーマ別、地域別、分類別の新しい見解を作り出しているものもあります。したがって、これらの出典を適切に表示することは優先されるべきです。

DwC-A 形式では、適切な引用と帰属を行うためのさまざまなオプションと推奨事項を提供しています。この範囲は、リソースのメタデータの一部を形成するグローバルな引用と帰属の情報から、レコードレベルのデータ要素に至るまで広がっています。これらのオプションは、複数レベルの帰属の提供をサポートします。

分類学的チェックリストの分類群に関連する方言名データの共有に対応しています。方言名は、Vernacular Names extensionを使用した、別の関連ファイルとして共有されます。この拡張子は、地域的および形態的な修飾子を含む、方言名の使用方法を説明するための豊富なプロパティセットをサポートしています。

もしソースデータセットが、リストで参照されている分類群に対してグローバルにユニークな識別子を提供している場合、それを派生データセットの*taxonID*として使用することができます。このようにすることで、元の分類群との明確なリンクが確保され、非常におすすめです。さらに、方言名のレコードには、方言名で使用されている言語を特定する言語参照を付けることが推奨されます。言語情報の共有には、ISO 693 言語コード を使用するのが最良の方法です。地方名は地域ごとに異なる用途を持つことがあり、これは*dwc:locality*要素、またはより正確でないレベルでは *dwc:country*を使って指定することができる。国名は、ISO 3166 国名コードがあれば、それを利用することが推奨されます。

分類群に関連する記述情報の共有に対応しています。説明文データは、Taxon Description extensionを用いて、関連する別のファイルとして共有されます。記述データは個別の記述タイプに割り当てることができ、拡張機能でデータを公開すると、1 つの分類群に複数の記述レコードをリンクすることができ、分類群ごとに比較的豊富なデータセットをサポートします。説明情報を記述するために、description type vocabularyを使用することが推奨されます。

配布データの共有がサポートされています。 配布データは、Species Distribution extensionを使用して、別個の関連ファイルとして共有されます。 これにより、分類群ごとに複数の配布レコードを公開できます。 分布拡張は、国または地域の分布の説明を指定するために使用されるだけでなく、分類群の脅威ステータス、導入されているかどうか、ネイティブなど、およびその他のプロパティに関する参照された分布の認定も対応します。 特定の定義された領域に関連付けられています。

明確に地域を指定するための推奨される最良の方法は、*dwc:localityID*要素で公開される解決可能な、またはよく知られた地域識別子を介することです。

*dwc：country*要素を使用する場合は、ISO 3166 国名コードを使用することをお勧めします。

書誌引用の共有がサポートされています。 書誌データは、リファレンス拡張を使用して別個の関連ファイルとして共有されます。リファレンス拡張は、モノグラフおよび注釈付きチェックリストでのシノニム情報の共有に使用するために推奨および設計されています。 解析された引用の共有をサポートしているため、*dwc:namePublishedIn*などのコアデータファイル内の引用を保存するデータ要素の一部よりも詳細な引用形式を提供します。 この拡張機能は、リファレンスタイプ語彙プロパティを介した参照の分類学的および命名上の修飾をサポートします。これは、リファレンスタイプ語彙とともに使用すると、分類群に関連する一連の参照を区別するために使用できます。

Note that extensions must link to the taxa in the core data file by providing the taxonID in the taxonID field. See the structure of Darwin Core Archives above.

タイプと標本に関する情報の共有がサポートされています。これらのデータは、タイプと標本の拡張を使用して、別個の関連ファイルとして共有されます。タイプ標本、タイプ種、属に関する基本情報の共有をサポートします。

Alternate Identifier Extensionを使用して、関連する外部リソースへの複数のリンクを共有および説明することができます。 これにより、データ発行者は、解決可能な識別子を介してソースデータベースまたはドキュメントにリンクを埋め込むことができます。 おそらくWebページとより機械可読なWebサービス応答の両方にリンクする複数の識別子が、単一の分類群に提供される場合があります。 識別子が解決可能である場合にユーザーが応答情報を解釈する方法を知ることができるように、各レコードにフォーマットを含めることをお勧めします。 これは通常、このフィールドに*MIME type*（または*MIME type*）を含めることによって行われます。 メディアタイプの完全なリストは、こちらから入手できます。

チェックリストのコアデータファイルには、分類群の記録が含まれています。 分類群レコードを説明するために使用できる一連の用語は、分類群（コア）拡張機能によって定義されます。

各分類群レコードは、拡張ファイル内の1つ以上のレコードで拡張できます。各拡張レコードを説明するために使用できる一連の用語は、その拡張によって定義されます。

以下は、分類群レコードに関する追加情報を提供するために使用できる拡張機能の完全なリストです。