Buenas prácticas para la publicación de listados taxonómicos

Archivo Darwin Core (DwC-A) es un estándar de datos informáticos que hace uso de los términos Darwin Core para producir un conjunto de datos único y autocontenido para los datos de las listas de control. La recopilación de archivos en un único archivo forma un conjunto de datos autocontenido, que puede proporcionarse como un único archivo comprimido (Zip o Gzip). Un conjunto de datos se compone de un documento de metadatos descriptivo y un conjunto de uno o más archivos de datos. Para obtener más información sobre DwC-A, consulte Guía práctica de los Archivos Darwin Core.

El campo dwc:scientificName almacena el nombre científico completo de un taxón, incluida la autoría. Este campo siempre debe llenarse con datos, incluso si los nombres se dividen en partes componentes (como en C. a continuación). Las bases de datos que no proporcionan una separación clara entre la parte del nombre y la parte de la autoría del nombre deben usar este campo para toda la cadena de nombres concatenados. Esto puede ser necesario para fórmulas híbridas, nombres sensu stricto, autónimos y otros binomios no triviales. Este campo se utiliza generalmente en combinación con el campo dwc:taxonRank para almacenar las partes del nombre científico de un listado taxonómico completo que incluye los taxones superiores.

Algunas bases de datos separan el nombre científico en una parte de nombre y otra parte de autoría. En este caso, deben usarse los campos dwc:scientificName y dwc:scientificNameAuthorship.

Darwin Core proporciona una serie de términos que permiten separar los nombres científicos en sus partes componentes. Algunas bases de datos almacenan listas de especies en estos componentes analizados. En este caso, compartir datos en este formulario puede ser una opción. Sin embargo, si es así, se recomienda que se componga un nombre adicional y completo a partir de las partes, y se comparta en el campo dwc:scientificName (como en la sección A anterior). Tenga en cuenta que en la tabla anterior, el término Darwin Core dwc:subgenus no se muestra pero representa un componente de nombre adicional.

Si es posible, proporcione un marcador de rango infragenérico como parte del nombre científico para evitar confusiones con el autor original / basónimo. Por ejemplo “Ageratina subgen. Apoda R.M.King & H.Rob" es preferible a "Ageratina (Apoda) R.M.King & H.Rob". ya que el posterior Apoda podría interpretarse como un subgénero o como el autor del basónimo.

La forma recomendada de compartir una clasificación es en formato normalizado. Esto también se puede denominar en una base de datos como una "relación padre-hijo" o una "lista de adyacencia". En una jerarquía taxonómica normalizada, cada taxón está representado por una única fila. Esto incluye tanto las especies como todos los taxa superiores de la clasificación. Cada fila tiene al menos los siguientes elementos de datos de componentes.

A continuación se muestra un ejemplo de clasificación para una sola especie, el tigre, "Panthera tigris". Tenga en cuenta que el miembro más alto de una jerarquía no tiene padre, por lo que el identificador del padre debe estar vacío. Tenga en cuenta que dwc:scientificName proporciona un campo común para almacenar el nombre en este caso, pero que el conjunto completo de opciones para los nombres se describe más arriba en "Compartir nombres científicos".

Este formato es familiar para cualquiera que maneje información de especies en hojas de cálculo. En una clasificación desnormalizada, cada fila de la tabla de datos se refiere a uno de los taxa terminales, como una especie, y un conjunto completo de taxa parentales se representa como un conjunto de columnas, una para cada taxón parental.

Este formato no es el método recomendado para compartir datos taxonómicos utilizando Archivo Darwin Core, pero es compatible con GBIF pues es de uso común en muchos listados de especies. Si este es el método por el que se van a compartir los datos, es muy recomendable que

La Sinonimia nomenclatural está soportada en el archivo de datos core mediante el uso del campo dwc:originalNameUsageID. Este campo se remite a la fila que representa la referencia taxonómica original del nombre. . Se recomienda que este registro proporcione una cita bibliográfica en el campo dwc:namePublishedIn, el cual hace referencia a la publicación en la que se estableció originalmente el nombre.

Los sinónimos nomenclaturales y taxonómicos pueden designarse en el mismo registro de taxón.

A veces, el mismo nombre puede ser sinónimo de más de un taxón aceptado o puede ser tanto un nombre de taxón aceptado como un sinónimo. Estos son causados por divisiones y cambios de circunscripción donde, por ejemplo, una serie de tipos puede dividirse entre múltiples taxones. La práctica recomendada para compartir sinónimos pro-parte se muestra en el ejemplo. En este ejemplo, Vireo solitarius es un nombre de taxón aceptado y también se incluye en la sinonimia de Vireo cassinii y Vireo plumbeus. En el caso de los sinónimos, se representan como un solo registro con la referencia de taxón aceptada concatenada en el campo dwc:acceptNameUsageID y separados por un carácter de barra vertical ("|").

El perfil de metadatos de GBIF admite elementos de datos a nivel de recursos que contribuyen a la citación y atribución, y permiten una descripción detallada del alcance y la procedencia de un listado taxonómico. Una lista de referencia completa de todos los elementos de metadatos está más allá del alcance de este documento y existe documentación diponible al respecto, pero los elementos específicos relacionados con la citación y atribución incluyen:

La información de atribución y citación registrada en el documento de metadatos es común a todos los registros de datos de un conjunto de datos. En algunos casos, se necesita una mayor precisión, incluso en los registros individuales. En estos casos, hay términos a nivel de registro que se recomienda utilizar para especificar la información de citación y atribución.

En este caso de uso, un listado taxonómico de especies se compila para un propósito específico, pero su estructura taxonómica básica deriva de uno o más listados taxonómicos externos que sirven como archivos de autoridad. La nueva compilación puede incluir anotaciones adicionales al registro de origen básico que se aplican al enfoque de los nuevos listados. Un ejemplo podría ser listados taxonómicos de especies nacionales europeos derivados de una base de datos como Fauna europaea o el Catálogo de la vida, que, en principio, proporcionan la lista completa de un país como un subconjunto de su propia cobertura. Una lista nacional puede agregar detalles regionales adicionales, como un estado de amenaza nacional o alguna otra propiedad de interés, lo que da como resultado un nuevo conjunto de datos derivado. En este caso, es importante poder proporcionar atribuciones y vínculos a nivel de registro del conjunto de datos de origen. Los medios recomendados para hacer esto son los siguientes.

La información descriptiva debe limitarse a bloques de texto de un solo párrafo. Se deben evitar los párrafos múltiples que contengan saltos de línea, o gestionarse cuidadosamente, para mantener la integridad del archivo de texto resultante como Archivo Darwin Core. LLos campos de datos multilínea presentados como archivos de texto requieren que los delimitadores de registro, que suelen ser caracteres de salto de línea, sean distintos de los saltos de línea utilizados dentro de un campo multilínea. El mejor método para admitir varias líneas en un mismo campo es reemplazar los caracteres de ruptura por un carácter de no ruptura o por un conjunto de caracteres que el usuario pueda sustituir por las rupturas adecuadas cuando se analicen y utilicen los datos. Una opción es utilizar la etiqueta de ruptura HTML <br>.

A menudo, un enlace a una base de datos de origen sigue un formato común, que difiere solo en el número de identificación o el nombre de taxón utilizado en la URL. Esto puede resultar en un archivo de extensión excesivamente detallado. El formato del Archivo Darwin Core admite una forma más eficiente de definir una plantilla de URL, que solo debe definirse una vez y permite que se incruste una variable en la plantilla, lo que eliminando la necesidad de repetir un conjunto de URLs para cada taxón en el archivo de datos. Esto se hace a través del componente de metarchivo XML del Archivo Darwin Core. No usa la extensión Referencias. Esto requiere editar el metarchivo XML, lo que requiere cierto grado de familiaridad con XML. GBIF proporciona una guía completa del metarchivo Darwin Core.

El metarchivo permite la creación de variables en el metarchivo que pueden hacer referencia a una página web o una llamada de servicio web. Esta variable puede estar incrustada en la URL e incluir un identificador de taxón o el nombre de taxón como uno de los parámetros en la URL. Se puede hacer referencia a cualquier columna de los datos publicados encerrando el número de índice entre llaves “{}”. También se puede hacer referencia al identificador de taxón en el archivo de datos centrales a través de la variable "{id}". Los siguientes ejemplos ilustran estas funciones:

Última versión publicada: 2022-02-02

Utilice este conjunto de términos para proporcionar la información fundamental para un listado taxonómico de especies, incluida la clasificación, la sinonimia y otros elementos clave. Cada fila de esta lista representa un nombre de taxón, ya sea un nombre aceptado o un sinónimo. Los términos de esta clase admiten diferentes métodos para representar información de clasificación. Las clasificaciones se pueden compartir "estilo hoja de cálculo" con columnas para Reino, Filo, Clase, etc. o se pueden compartir "estilo base de datos" con cada fila de taxón que posee un campo que contiene el ID de su padre inmediato. Tenga en cuenta que las tablas contienen la lista completa de términos aceptables. El requisito mínimo para compartir un listado taxonómico es simplemente una lista de especies, aunque se recomienda una identificación adjunta. Utilice esta lista de términos para identificar los términos que mejor coincidan con los datos que se compartirán. No se deje intimidar por los nombres de los términos. Lea la descripción para localizar los términos relevantes.

Última versión publicada: 2015-02-13

Esta extensión proporciona los medios para compartir información relacionada con nombres comunes vinculados a taxones en el archivo de datos central. Se pueden vincular varios nombres comunes al mismo taxón a través del taxonID.

Última versión publicada: 2015-02-13

Utilice esta extensión para describir una o más referencias bibliográficas relacionadas con un taxón en el archivo core de datos. Utilice el campo de tipo para calificar las referencias. Esta extensión permite el intercambio de listados taxonómicos de sinónimos referenciados.

Última versión publicada: 2022-02-02

Utilice esta extensión para compartir información sobre una o más referencias de distribución para un taxón. Uno o más registros de localidad pueden estar vinculados al mismo taxón. Por ejemplo, se pueden enumerar varias localidades, regiones o países. Utilice esta extensión para describir el estado de amenaza de un taxón, los cambios de distribución estacionales y otras propiedades vinculadas a un taxón en una región en particular.

Última versión publicada: 2015-02-13

Utilice esta extensión para proporcionar texto descriptivo de un taxón. Por lo general, se presenta en forma de un solo párrafo por registro, como se almacenaría normalmente en una base de datos. Las descripciones se pueden calificar por un tipo para indicar, por ejemplo, que la descripción está relacionada, por ejemplo, con la conservación de la morfología, reproducción, etc. Varias descripciones equivalen a múltiples registros en un archivo de descripciones.

Última versión publicada: 2015-02-13

Utilice esta extensión si tiene más de un identificador o enlace a información sobre el taxón. Una base de datos de origen puede, por ejemplo, proporcionar acceso a los registros de datos de origen a través de una página web, un servicio web y un identificador que se puede resolver como LSID, DOI u otros medios.

Última versión publicada: 2015-02-13

Utilice esta extensión para compartir datos relacionados con uno o más especímenes o referencias de tipo vinculadas al taxón principal

Última versión publicada: 2022-02-02

Esta extensión se utiliza para describir una o más relaciones que el taxón principal tiene con otros taxones, ya sea en la lista de origen o incluidos en el registro. Esta extensión podría usarse, por ejemplo, para proporcionar una lista de especies de plantas (un registro por especie) polinizadas por una especie de abeja incluida en la lista de especies principales.